Diarrea crónica: 10 causas, señales de alarma y qué estudiar

Diarrea crónica: por qué no se va y qué hay que buscar

Resumen
  • La diarrea crónica es la que dura más de 4 semanas. No es un diagnóstico: es la señal de que algo, en algún punto del tubo digestivo, no está funcionando.
  • Las causas que más vemos en consulta: intestino irritable con diarrea, SIBO, intolerancias, celiaquía, ácidos biliares, parásitos y fármacos. Menos frecuentes, pero hay que descartarlas: colitis microscópica y enfermedad inflamatoria intestinal.
  • Hay señales que no esperan: sangre en las heces, heces negras, fiebre, pérdida de peso sin buscarla, diarrea que te despierta por la noche, anemia o que empiece después de los 50. Ahí, tu médico primero.
  • En consulta buscamos la causa, no el antidiarreico. Preferimos empezar por un estudio de heces, y el test de aliento cuando sospechamos SIBO.
  • El SIBO, cuando aparece, casi nunca es el principio de la historia. Es la consecuencia.

Antes de entrar en un sitio, miras dónde está el baño. Has dejado de desayunar si tienes que salir pronto. Te han dicho que es el estrés, que es colon irritable, que te tomes un yogur. Y ya van meses.

Te digo lo primero que le digo a quien llega así a consulta: la diarrea no es la enfermedad. Es el síntoma que te avisa. Y cuando dura más de un mes, taparla no basta. Hay que tirar del hilo.

En este artículo te cuento qué es la diarrea crónica, cuáles son sus causas más frecuentes en adultos, qué señales obligan a ir al médico sin esperar y cómo la estudiamos nosotros para llegar a la causa.

¿Qué es la diarrea crónica y cuándo deja de ser algo pasajero?

Hablamos de diarrea crónica cuando las heces son más blandas o líquidas de lo habitual, casi siempre con más deposiciones al día, durante más de 4 semanas.

La diarrea aguda es otra cosa. Suele ser una infección o algo que te ha sentado mal, y se va sola en días. La crónica no se va, o va y vuelve, y por eso pide otra mirada.

Ojo con un matiz: lo que manda no es el número de veces, es la consistencia y el cambio. Ir dos veces al día con heces formadas puede ser tu normal. Ir una vez, pero con urgencia y heces líquidas, no lo es.

Para hablar el mismo idioma en consulta uso la escala de Bristol, que clasifica las heces en 7 tipos.

Tabla 1. Escala de Bristol, resumida
TipoCómo esQué sugiere
1 y 2Bolitas duras o salchicha con grumosTránsito lento, estreñimiento
3 y 4Salchicha con grietas o lisa y blandaLo esperable
5Trozos blandos con bordes nítidosTránsito algo rápido
6Trozos esponjosos, bordes deshechosDiarrea
7Líquida, sin trozosDiarrea

Si la mayoría de tus días están en el 6 y el 7 desde hace más de un mes, este artículo es para ti.

¿Cuándo es una urgencia? Señales de alarma de la diarrea crónica

Antes de hablar de causas, esto. Porque hay situaciones que no se arreglan con ninguna dieta ni ningún suplemento, y que tiene que ver tu médico sin esperar.

Tabla 2. Señales de alarma en la diarrea crónica
Ve a urgencias siPide cita con tu médico pronto si
Sangre abundante en las heces o heces negras como el alquitránSangre en las heces, aunque sea poca, o moco con sangre
Mareo al ponerte de pie, boca muy seca, orinas muy poco: signos de deshidrataciónPérdida de peso sin buscarla
Fiebre alta con dolor abdominal intensoDiarrea que te despierta por la noche
Confusión, debilidad marcada o no toleras ni líquidosAnemia o ferritina baja en una analítica
Diarrea intensa estando embarazada, con defensas bajas o en una persona mayor frágilEmpieza después de los 50 años
Antecedentes en la familia de cáncer de colon, celiaquía o enfermedad inflamatoria intestinal
Empezó tras un tratamiento con antibióticos o tras un viaje, sobre todo con fiebre

Si tienes alguna de la columna de la derecha, lo primero es tu médico, que valorará si hace falta una colonoscopia u otra prueba. Nosotros no hacemos endoscopias: cuando hacen falta, derivamos. Y cuando lo urgente está descartado, ahí empieza nuestro trabajo.

¿Cuáles son las causas de la diarrea crónica en adultos?

Cuando alguien me cuenta su diarrea, me hago tres preguntas. ¿Dónde está el problema, en el intestino delgado o en el colon? ¿Hay inflamación? ¿Se está absorbiendo mal algo? Con esas tres, la lista de causas se ordena sola.

Estas son las diez que más miramos.

1. Intestino irritable con diarrea

Es el diagnóstico que más se oye. Dolor o molestia que mejora al ir al baño, urgencia, a veces alternancia con estreñimiento. Detrás está el eje intestino-cerebro: el intestino y el cerebro hablan todo el día, y cuando esa conversación se altera, cambian la sensibilidad y el movimiento del intestino (Stanghellini, 2016).

Un subgrupo importante empezó después de una gastroenteritis. Se fue la infección y se quedó la diarrea.

Para mí, «colon irritable» es un punto de partida, no un punto final. Si ya te lo han dicho, mira el síndrome del intestino irritable: ahí te cuento qué hay debajo.

2. SIBO

El sobrecrecimiento bacteriano del intestino delgado: bacterias que viven en el colon y que han subido a un sitio donde no deberían estar en esa cantidad. Fermentan lo que comes antes de tiempo y dan hinchazón, gases y, en el SIBO de hidrógeno, diarrea. Si los gases huelen a huevo podrido, pensamos en el de sulfuro.

Lo tienes entero en la guía del SIBO, sobrecrecimiento bacteriano. Y más abajo te explico por qué, para mí, el SIBO casi nunca es la causa de fondo.

3. Disbiosis

La microbiota intestinal es un ecosistema. No hay bacterias buenas y malas: hay necesarias y no tan necesarias. Las segundas también deben estar, pero a raya. Cuando las necesarias caen y las otras ganan terreno, hablamos de disbiosis, y el tránsito es de lo primero que lo nota.

Una de las cosas que hacen las bacterias necesarias es fabricar ácidos grasos de cadena corta, sobre todo butirato, el combustible de las células del colon. Menos butirato es una mucosa peor alimentada. Cómo funciona ese ecosistema, en la guía de microbiota intestinal.

4. Intolerancias: lactosa, fructosa, sorbitol e histamina

Aquí la pregunta es si algo no se está digiriendo o absorbiendo y llega al colon, donde fermenta y arrastra agua. La lactosa es la más conocida. La fructosa y el sorbitol (en fruta, zumos y productos «sin azúcar») son las grandes olvidadas. Se estudian con un test de aliento: lo tienes en el test de intolerancias en Pamplona.

Un detalle útil: un SIBO puede dar un falso positivo en el test de aliento de la lactosa, y un test genético de lactosa no te dice si tus síntomas vienen de ahí (Misselwitz, 2019). Por eso no se lee ninguna prueba sola.

La histamina es otra vía: en algunas personas, la diarrea va con enrojecimiento, picor o dolor de cabeza tras ciertas comidas. Lo explico en intolerancia a la histamina.

5. Celiaquía

Una diarrea crónica en un adulto obliga a descartar la celiaquía, aunque no tengas el perfil que te imaginas. Puede dar diarrea, pero también anemia, cansancio o casi nada digestivo.

Y una regla que repito mucho: no quites el gluten antes de hacerte la analítica de celiaquía. Si lo quitas antes, la prueba puede salir normal sin serlo, y te quedas sin respuesta. Más en enfermedad celíaca.

6. Diarrea por ácidos biliares

Es de las causas que más se pasan por alto. Los ácidos biliares los fabrica el hígado para digerir la grasa, y casi todos se recuperan al final del intestino delgado. Si llegan de más al colon, lo irritan y arrastran agua.

La pista: heces acuosas, urgencia, a menudo poco después de comer, sobre todo tras quitar la vesícula o con problemas en el final del intestino delgado. A veces aparece sin causa aparente y se confunde con intestino irritable durante años.

7. Parásitos

Hay más de los que se piensa, también en quien no ha salido de casa. Giardia, Cryptosporidium, Blastocystis o Dientamoeba pueden estar detrás de una diarrea que no se va.

El detalle técnico que cambia el resultado: la PCR en heces detecta bastantes más protozoos que el microscopio, aunque no ve los gusanos (Robert-Gangneux, 2025). Si hay sospecha de gusanos, se añade el microscopio. Lo tienes ampliado en parásitos intestinales en adultos.

8. Fármacos y edulcorantes

Antes de pedir ninguna prueba, reviso la medicación. Metformina, antiácidos con magnesio, algunos antidepresivos, antiinflamatorios o antibióticos recientes pueden estar detrás. Y en la despensa: chicles y caramelos «sin azúcar» con sorbitol, xilitol o manitol.

El omeprazol merece un apartado propio: su uso se asocia a más SIBO (Lo, 2013), porque baja el ácido del estómago, que es la primera barrera contra las bacterias. Lo amplío en efectos secundarios del omeprazol.

Si un fármaco te lo ha pautado un médico, no lo dejes por tu cuenta: lo hablamos con él.

9. Colitis microscópica

Se llama así porque el colon se ve normal en la colonoscopia y la inflamación solo aparece al mirar las biopsias al microscopio. Da diarrea acuosa, sin sangre, a veces nocturna. Es más frecuente en mujeres a partir de los 50, y se ha relacionado con algunos fármacos.

La clave práctica: si te van a hacer una colonoscopia por diarrea crónica, pregunta si van a tomar biopsias aunque el colon se vea normal.

10. Enfermedad inflamatoria intestinal

La enfermedad de Crohn y la colitis ulcerosa. Diarrea con sangre o moco, dolor, pérdida de peso, a veces fiebre o lesiones alrededor del ano. Se diagnostica con colonoscopia y biopsias, y la lleva el servicio de digestivo.

Un marcador en heces, la calprotectina, ayuda a separar una diarrea con inflamación de una sin ella. Si sale alta, el siguiente paso es tu médico.

¿Y además?

Hay causas fuera del intestino que también se miran: tiroides acelerada, páncreas que no fabrica suficientes enzimas (heces grasientas que flotan y cuesta tirar de la cadena), diabetes de años o alcohol. Por eso la analítica de sangre va siempre en el paquete.

¿Por qué digo que el SIBO es la consecuencia y no la causa de tu diarrea crónica?

Esta es la parte que más diferencia nuestra forma de trabajar. El SIBO existe y da diarrea. Pero casi nunca es el punto de partida. Si solo lo tratas a él, vuelve.

Yo empiezo por la cabeza y bajo.

La cabeza. El intestino delgado tiene un sistema de limpieza entre comidas, el complejo motor migratorio: ondas que barren los restos y las bacterias hacia el colon. El picoteo continuo y el estrés lo frenan (Deloose, 2012). Sin ese barrido, las bacterias se acumulan donde no deben. Comer con prisa y en tensión es comer con el león detrás: el cuerpo está en modo alerta, no en modo digerir.

El estómago. El ácido es un reactor químico y una barrera. Si baja, por omeprazol de años, por una gastritis o por un Helicobacter que lleva tiempo ahí, pasan más bacterias hacia el intestino. Si tienes molestias de estómago además de la diarrea, merece la pena descartarlo con una prueba de Helicobacter pylori en Pamplona.

El intestino y su muralla. La mucosa intestinal es como la muralla de un castillo. Si se le caen los ladrillos (lo que llamamos permeabilidad intestinal), el sistema de defensa está reactivo, a la mínima salta, y el tránsito lo acusa.

Muy sencillo: una cosa lleva a la otra. Estrés, ácido bajo, barrido frenado y un ecosistema alterado acaban en SIBO. Tratar solo el SIBO es cortar la hoja. Hay que arrancar la raíz, como los jardineros: con cuidado y con los métodos adecuados.

Diarrea crónica: ilustración del estómago, el intestino delgado y el colon, donde se busca el origen

¿Cómo estudiamos la diarrea crónica en consulta?

Con tiempo. La primera visita es larga, porque en diarrea crónica la mayor parte de la pista está en la historia, no en la prueba.

Lo que te pregunto

  • Cómo son tus heces (Bristol), cuántas veces, a qué hora y si te despiertan por la noche.
  • Cuándo empezó: tras una gastroenteritis, un viaje, unos antibióticos, quitar la vesícula, una época de mucho estrés.
  • Qué comes y qué lo empeora: lácteos, fruta, productos «sin azúcar», grasa, alcohol.
  • Qué medicación tomas, también la que no consideras medicación.
  • Qué hay en tu familia: celiaquía, enfermedad inflamatoria intestinal, cáncer de colon, tiroides.
  • Qué más te pasa: gases, hinchazón, cansancio, piel, ánimo, sueño. El intestino no vive aislado.

Las pruebas, por orden

Antes de nada, una norma de la consulta que vale para todas las pruebas de heces y de aliento, también el test de aliento de SIBO: 3 semanas sin omeprazol ni otros protectores de estómago parecidos. Y si te lo pautó otro médico, no lo dejes por tu cuenta: lo hablamos antes.

  1. Analítica de sangre, si no la tienes reciente: hemograma, ferritina, vitamina B12, tiroides, marcadores de inflamación y serología de celiaquía. Puede pedirla tu médico de cabecera o pedírtela nosotros.
  2. Estudio de heces: es por donde preferimos empezar. Según el estudio que elijamos para tu caso, mide marcadores de inflamación intestinal (calprotectina), de digestión de grasas y función del páncreas, busca parásitos por PCR y nos dice cómo está tu microbiota. Es una de mis herramientas de diagnóstico: me dice qué está pasando en tu intestino y por dónde empezar. Lo tienes en el análisis de microbiota intestinal.
  3. Test de aliento, cuando la historia apunta a SIBO. Es la prueba que recogen las guías (Rezaie, 2017; Hammer, 2022). Tomas un azúcar que no absorbes y medimos los gases durante 3 horas. Ojo, porque en diarrea importa mucho: si tu intestino va muy rápido, la prueba con lactulosa puede dar un falso positivo (Hammer, 2022), y en general no detecta todos los casos (Losurdo, 2020). Por eso nunca la leo sola: va con tus síntomas. Cómo se hace y cómo se prepara, en la prueba de SIBO en Pamplona.
  4. Prueba de Helicobacter, si además hay síntomas de estómago. En consulta preferimos la prueba en heces; el test de aliento también vale. Para las dos, además de las 3 semanas sin omeprazol, 4 semanas sin antibióticos, o puede salir un falso negativo.

Cada prueba tiene además su hoja de preparación (qué comer el día antes, cuántas horas de ayuno), y te la damos. Si para prepararla hubiera que retirar algún fármaco que te pautó otro médico, lo hablamos antes.

Un matiz que no quiero que se pierda: el estudio de heces no diagnostica el SIBO. El SIBO está en el intestino delgado y eso lo mide el aliento. Lo que sí hace el estudio de heces es detectar en el colon las bacterias hidrogenotróficas, las que originan el SIBO, y eso nos ayuda a afinar el tratamiento.

Tubos y bolsa de recogida de aliento sobre una mesa: pruebas de heces y de aliento que se hacen en casa

¿Cómo se trata la diarrea crónica?

Depende de la causa, y por eso no se trata a ciegas. Una celiaquía, una diarrea por ácidos biliares, un parásito o una colitis microscópica tienen tratamientos distintos, y algunos los lleva tu médico de digestivo. Lo que hacemos nosotros es encontrar la pieza y trabajar el terreno a la vez.

Un antidiarreico puede sacarte de un apuro un día concreto. Si lo necesitas cada semana, está tapando una pregunta.

Cómo lo trabajamos, siempre según tu caso:

  • Alimentación con el equipo de nutrición. A veces una dieta baja en fermentables durante un tiempo corto, y después reintroducir. El objetivo es quitarte el miedo a la comida, no darte otra lista de prohibidos.
  • El eje intestino-cerebro. Comer sentado, despacio, sin pantallas, con horarios y sin picoteo continuo, para que el barrido del intestino haga su trabajo.
  • El SIBO, si está. En consulta, cuando se puede, empezamos por antimicrobianos de origen vegetal antes que por el antibiótico, buscando un efecto que dure sin arrasar la microbiota. El antibiótico tiene su sitio; no es la primera opción en todos los casos.
  • La mucosa y el ecosistema. Reparar la muralla y devolverle al ecosistema sus bacterias necesarias, con alimentación y, si hace falta, suplementación pautada.

Y la regla que repito en cada consulta: el estilo de vida (alimentación, movimiento, descanso y gestión emocional) es la base. Los suplementos y tratamientos que yo te pueda dar ayudan, pero no la sustituyen. Ninguno es la varita mágica.

Si tu diarrea alterna con temporadas de estreñimiento, mira también el estreñimiento crónico: muchas veces es el mismo hilo.

¿Qué puedes hacer mañana si tienes diarrea crónica?

  1. Repasa la tabla de señales de alarma. Si tienes alguna, tu médico primero.
  2. Apunta dos semanas: tipo de Bristol, hora, qué comiste antes y si te despertó por la noche. Es lo más útil que puedes traer a una primera visita.
  3. Revisa la despensa y el botiquín: productos «sin azúcar», suplementos de magnesio, medicación nueva. No retires nada pautado sin hablarlo.
  4. No quites el gluten hasta tener la analítica de celiaquía.
  5. Bebe, y si son muchas deposiciones al día, con un suero de rehidratación de farmacia.

Con eso ya sabes más de tu diarrea que con meses de probar cosas sueltas. Lo que no puedes hacer solo es juntar las piezas de tu caso: eso es lo que hacemos en consulta.

Libreta abierta y una infusión sobre la mesa para apuntar dos semanas de deposiciones y comidas

¿Dónde estudiar la diarrea crónica en Pamplona?

En nuestra consulta de Pamplona vemos la diarrea crónica dentro de la consulta de problemas digestivos en Pamplona, y también online si vives fuera de Navarra. La primera visita la hace el Dr. Jaume Fontanals, médico integrativo especializado en salud digestiva y microbiota intestinal, y el plan de alimentación lo trabaja con el equipo de nutrición.

Las pruebas de heces y de aliento se hacen en casa y se envían al laboratorio. Lo que necesita endoscopia lo derivamos. Cómo trabajamos lo tienes en la consulta digestiva integrativa.

Si quieres que miremos tu caso con calma, la primera visita es en Pamplona u online. Después, las consultas de seguimiento duran 40 min.

Pide tu primera visita · ¿Sospechas SIBO? Prueba de SIBO en Pamplona

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Preguntas frecuentes sobre la diarrea crónica

¿Cuándo se considera crónica una diarrea?

Cuando las heces son blandas o líquidas, casi siempre con más deposiciones de lo habitual, durante más de 4 semanas. La diarrea aguda suele ser una infección y se va sola en días; la crónica pide buscar la causa.

¿Qué causa la diarrea crónica en adultos?

Las causas más frecuentes son el intestino irritable con diarrea, el SIBO, la disbiosis, intolerancias como la lactosa o la fructosa, la celiaquía, la diarrea por ácidos biliares, los parásitos y algunos fármacos. Menos frecuentes, pero hay que descartarlas: la colitis microscópica y la enfermedad inflamatoria intestinal.

¿Cuándo tengo que ir a urgencias por diarrea?

Si hay sangre abundante o heces negras, signos de deshidratación (mareo al levantarte, boca muy seca, orinar muy poco), fiebre alta con dolor intenso, confusión o si no toleras ni líquidos. Si hay sangre aunque sea poca, pérdida de peso, diarrea nocturna, anemia o empieza después de los 50, pide cita con tu médico pronto.

¿El SIBO puede dar diarrea crónica?

Sí, sobre todo el SIBO de hidrógeno. Pero casi nunca es el punto de partida: suele aparecer cuando el barrido del intestino entre comidas está frenado, el ácido del estómago es bajo o la microbiota está alterada. Por eso en consulta tratamos el SIBO y también lo que lo ha provocado.

¿Qué pruebas se hacen para la diarrea crónica?

Una analítica de sangre con serología de celiaquía y, en consulta, preferimos empezar por un estudio de heces: inflamación, digestión de grasas, parásitos por PCR y microbiota. Si la historia apunta a SIBO, test de aliento. Antes de las pruebas de heces y de aliento pedimos 3 semanas sin omeprazol. Si hay sangre, anemia o señales de alarma, tu médico valorará una colonoscopia.

¿Atendéis la diarrea crónica en Pamplona?

Sí. La estudiamos en nuestra consulta de Pamplona y también online. La primera visita es con el Dr. Jaume Fontanals, médico integrativo especializado en salud digestiva y microbiota intestinal, y las pruebas de heces y aliento se hacen en casa.

Referencias científicas

Aviso sanitario. Esta información es general y divulgativa. No sustituye la valoración de un profesional sanitario ni sirve para diagnosticar ni tratar a nadie en concreto. No tomes ni dejes ninguna medicación ni suplemento por tu cuenta. Los resultados de cualquier tratamiento varían de una persona a otra y no se garantizan. Si tienes alguna señal de alarma de las descritas arriba, consulta con tu médico sin esperar o acude a urgencias.

  • Stanghellini V, et al. Gastroduodenal Disorders. Gastroenterology. 2016. doi:10.1053/j.gastro.2016.02.011
  • Misselwitz B, Butter M, Verbeke K, Fox MR. Update on lactose malabsorption and intolerance: pathogenesis, diagnosis and clinical management. Gut. 2019;68(11):2080-2091. doi:10.1136/gutjnl-2019-318404
  • Robert-Gangneux F, et al. Improvement of the diagnosis of intestinal protozoa using a multiplex qPCR strategy compared to classical microscopy: a prospective study on 3,500 stool samples over 3 years. J Clin Microbiol. 2025;63(5):e0161024. doi:10.1128/jcm.01610-24
  • Lo WK, Chan WW. Proton Pump Inhibitor Use and the Risk of Small Intestinal Bacterial Overgrowth: A Meta-analysis. Clin Gastroenterol Hepatol. 2013. doi:10.1016/j.cgh.2012.12.011
  • Deloose E, et al. The migrating motor complex: control mechanisms and its role in health and disease. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2012. doi:10.1038/nrgastro.2012.57
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  • Hammer HF, Fox MR, Keller J, et al. European guideline on indications, performance, and clinical impact of hydrogen and methane breath tests in adult and pediatric patients: European Association for Gastroenterology, Endoscopy and Nutrition, European Society of Neurogastroenterology and Motility, and European Society for Paediatric Gastroenterology Hepatology and Nutrition consensus. United European Gastroenterol J. 2022;10(1):15-40. doi:10.1002/ueg2.12133
  • Losurdo G, Leandro G, Ierardi E, et al. Breath Tests for the Non-invasive Diagnosis of Small Intestinal Bacterial Overgrowth: A Systematic Review With Meta-analysis. J Neurogastroenterol Motil. 2020;26(1):16-28. doi:10.5056/jnm19113

Revisado por el Dr. Jaume Fontanals. Última revisión: 19 de octubre de 2026.

⚕️ Aviso médico. Este artículo tiene finalidad exclusivamente informativa y educativa; no constituye consejo médico ni sustituye la valoración de un profesional sanitario colegiado. Consulta siempre con tu médico antes de iniciar cualquier tratamiento, suplementación o cambio de dieta.

Dr. Jaume Fontanals Jorba · Nº Colegiado 313108777, Ilustre Colegio Oficial de Médicos de Navarra.

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